硼10-三氟化硼与三氟化硼的核心差异就是硼的同位素组成不同，硼10-三氟化硼是由丰度≥99.9的高丰度硼10富集而成，而普通的三氟化硼内部大概是由19.4%的硼10与80.6%的硼11混合而成，这种差异让二者在核心能、物理性质上有着显著差异，进而决定了应用领域的精细区分。

硼10三氟化硼的制备难度极高，需通过复杂同位素分离技术从天然BF₃中富集¹⁰B，产量低、成本高昂，属于稀缺特种材料，相较于普通三氟化硼价值更高。

两者的应用分化完全围绕“中子吸收能力”和“丰度”展开，硼10-三氟化硼更集中在需强中子吸收能力的高端特种场景，而普通三氟化硼更侧重通用工业与常规高科技领域。

硼10-三氟化硼因强中子吸收能力，是核反应堆控制棒核心材料，可精准调控裂变反应速率、避免失控，还能实现紧急停堆；同时是中子探测器的专用填充气体，用于核设施辐射监测、反应巡检。普通三氟化硼则没有这方面的应用。

同样硼10-三氟化硼也是硼中子俘获治疗（BNCT）的核心原料，可转化为硼10-硼酸、卤化硼等中间体，进而合成靶向硼药；而普通三氟化硼只能作为常规医药合成中的催化剂使用。

硼10-三氟化硼还可作为P型半导体掺杂剂，但仅在需中子屏蔽的特种半导体场景中用的比较多；普通三氟化硼是半导体工业的核心电子特气，广泛用于7nm以下的离子注入掺杂、芯片精细电路蚀刻、半导体封装材料成型；部分高纯度¹¹BF₃还可用于高效太阳能电池板制造。

普通三氟化硼在有机合成催化剂、环氧树脂固化剂、烯烃聚合引发剂、冶金助焊剂、锂电池/固态电池添加剂等方面用的很多。但是硼10-三氟化硼仅用于硼元素路径追踪的同位素示踪科研。